ABSTRACT
Resumen El pato criollo peruano (Cairina moschata domestica) es una de las especies de mayor importancia económica en la alimentación humana. Las especies de patos forman grupos genéticos complejos y difíciles de reconocer, por lo que el uso marcadores microsatélites (SSR) identificados en una especie relacionada como Anas platyrhynchos, representa una opción atractiva, de menor costo y útil para resolver temas relacionados con la conservación de la diversidad genómica, flujo génico e hibridación entre poblaciones. El objetivo de la investigación fue evaluar la transferibilidad de 24 SSR identificados para A. platyrhynchos a las poblaciones peruanas de C. moschata doméstica y determinar el grado de polimorfismo (PIC) de los marcadores transferibles. Para ello, se obtuvo ADN a partir de plumas alares usando el método cloroformo-alcohol isoamílico. Los SSR se construyeron con una secuencia adicional de 19 pb (cola M13) y se utilizaron fluoróforos 6-FAM, VIC, NED y PET para su etiquetado. Los fragmentos amplificados fueron visualizados en geles de agarosa 2% y separados por electroforesis capilar en un secuenciador automático ABI 3130XL. Los resultados mostraron 7 SSRs con un valor PIC alto (PIC>0.5) y que el marcador CMO211 se expresaba con un tamaño molecular menor del de la referencia. En conclusión, el presente trabajo demostró que el 75% de los SSR diseñados para A. platyrhynchos son transferibles a C. moschata domestica; y que sólo 7 fueron altamente informativos. Demostrando así que los SSRs son útiles en la detección de polimorfismos en especies relacionadas y pueden ser usados para mejorar las poblaciones peruanas de patos criollos.
Abstract Peruvian Muskovy duck (Cairina moschata domestica) is one of the most economically important species in human nutrition. Duck species form complex genetic groups which are difficult to recognize, thus the use microsatellite markers (SSRs) identified already in Anas platyrhynchos (related species), represents a very attractive option for its cheapness and usefulness for solving issues related to conservation of genomic diversity, gene flow and hybridization between population. The main goal of this work was to evaluate the degree of polymorphism (PIC) and the transferability of 24 SSRs identified for A. platyrhynchos to C. moschata domestica. In this study, DNA collected from wing feathers was extracted using the chloroform-isoamyl alcohol method. SSRs were constructed with an additional 19 bp sequence (M13 tail) and 6-FAM, VIC, NED and PET fluorophores were used for their labeling. The amplified fragments were visualized on 2% agarose gels and separated by capillary electrophoresis in an automatic ABI 3130XL sequencer. Results showed 7 SSR with high PIC value (PIC> 0.5) and the CMO211 marker expressed in a smaller molecular size that the one used as reference. In conclusion, we showed that 75% of the SSR designed for A. platyrhynchos were transferable to C. moschata domestica as well as we found only 7 SSR highly informative, thus we proved that SSR are highly useful for detecting polymorphisms in related species and improved the Peruvian populations of Muskovy ducks.
ABSTRACT
Determinar la variabilidad genética y evaluar la utilidad de microsatélites (STR) en la determinación de paternidad en alpacas blancas huacaya, pertenecientes al Centro Piloto de Mejoramiento Genético Munay Paqocha y el Fundo Itita, de la Sociedad Peruana de Criadores de Alpacas y Llamas (SPAR) Puno. Realizar la genotipificación y selección de marcadores STR útiles para la asignación de paternidad y parentesco. Metodología: Se evaluaron 10 marcadores STR a partir de ADN aislado de sangre y de folículos pilosos de 183 individuos colectados al azar procedentes de dos rebaños. Resultados y Conclusiones: Se observó un alto nivel de variabilidad alélica en el total de individuos analizados, y la presencia de alelos exclusivos entre poblaciones, con frecuencias menores al 1,5% en los loci LCA37, LCA90, LCA5, VOLP92, YWLL36, YWLL44 y YWLL08. Se propone la incorporación de tres marcadores adicionales, VOLP92, LCA94 y LCA90 para los análisis de variabilidad genética en alpacas. Los valores de FIS (0,016), y FST (0,003) reflejaron bajo niveles de endogamia. El rebaño del Fundo Itita presentó una mayor Ho (0,858) respecto a la He (0,848), mientras que por el contrario el rebaño del Centro Munay Paqocha presentó un menor valor de la Ho (0,815) respecto a la He (0,848), con una tendencia al déficit de heterocigotos. Los 10 marcadores presentaron una probabilidad de exclusión de parentesco adecuada, con un valor superior al 99,9%, cuando se conoce el genotipo de ambos padres, y un poder de discriminación mayor a 0,90...
To determine the genetic variability and the selection of STR markers useful for the evaluation of inbreeding, assignment of paternity and kinship, and the genotyping of two breeding herds of white huacayas alpacas Vicugna pacos, from the Pilot Center for Genetic Improvement Munay Paqocha and Fundo Itita, in Puno Perú. Methodology: 10 STR markers were assessed in 183 individuals, randomly selected. Results and Conclusions: We observed a high level of allelic variability in the total individuals, and unique alleles among populations with frequencies lower than 1.5% in loci LCA37, LCA90, LCA5, VOLP92, YWLL36, YWLL44 and YWLL08. We propose the addition of three markers, VOLP92, LCA94 and LCA90 for the genetic variability analysis in alpacas. FIS (0.016) and FST (0.003) values reflected low levels of inbreeding. Fundo Itita herd showed higher Ho (0.858) than He (0.848), while the herd of Munay Paqocha showed lower Ho (0.815) respect to He (0.848), with trending heterozygote deficit. The 10 markers showed an appropriate exclusion relationship probability, with a value greater than 99.9% when the genotype of both parents was known, and a power of discrimination greater than 0.9...